En el antiguo Japón, Kubo es un inteligente joven que lleva una existencia tranquila junto a su madre en un pequeño pueblo costero en el que nunca pasa nada. Se gana la vida como cuentacuentos, relatando a los aldeanos historias maravillosas empleado figuras de origami, hasta que un espíritu del pasado vuelve su vida patas arriba, al reavivar una venganza. Esto causa en Kubo multitud de malos tragos al verse perseguido por dioses y monstruos. Si de verdad Kubo quiere sobrevivir, antes debe localizar una armadura mágica que una vez fue vestida por su padre, un legendario guerrero samurái.